围绕强军目标，军事经济学院近年来采取多种举措加强研究生教育，突出姓军为战和创新能力培养，取得了显著成效。2013年，该院有两篇博士生论文：《军人工资关系研究》《利益、财权与制度安排——军队财务改革的逻辑分析框架》入选全国优秀博士学位论文。对毕业研究生的跟踪调查表明，72.6%的毕业研究生被选调到军以上机关工作，82.4%的研究生立功受奖，部队普遍反映，军事经济学院毕业的研究生“思想基础牢、专业素质精、创新能力强、适应部队快”。
为了提高军事特色鲜明的研究生教育水平，军事经济学院一方面加大传统学科改造力度，主动申请撤销战场与部队需求小、后勤特色不鲜明、与自身办学定位及主体培训任务联系不够紧密的管理科学与工程一级学科、国民经济学二级学科;另一方面推行“学科群”发展模式，打破学科壁垒，加强资源整合，推动主干学科、支撑学科和相关学科协调发展。目前，学院进入军队重点建设院校行列，建成2个国家重点学科、1个军队重点学科、2个湖北省重点学科。
为了增强研究生的创新能力，学院与武汉军校、地方重点高校签订“7+7”战略合作协议，与兰州军区联勤部签订联合培养军事后勤人才协议，与沈阳军区、北京军区等单位合作共建12个研究生教学实践基地。年均外聘专家30多人次为博士、硕士讲授相关课程，共计200多课时，听课500余人次。根据需求，安排研究生赴海军工程大学、武汉大学、华中科技大学等高校选修相关优质课程，认定学分。以重大课题为牵引组建跨单位科研创新团队，安排相关学科研究生参与其中。
为了确保人才培养质量，学院加大依法从严治教、治学，出台《关于加强教学质量建设的若干意见》《从严治校60条》《禁酒令》等规定。健全研究生培养主要环节检查与质量评价制度，完善机关、督导、同行、学员“四位一体”的课堂授课质量评价方式，对研究生的招生录取、课程学习、日常管理、学术研究、中期筛选、论文开题和答辩等所有过程进行规范。
