学校前身为漳州师范学院。由1958年春原龙溪师范学校设立师范大专班发展而来,1958年9月,经中共龙溪地委研究决定,在师范大专班的基础上成立漳州大学师范学院。1959年春,经龙溪地委报请省教育厅核准,在原漳州大学师范学院的基础上建立漳州师范专科学校。1963年7月,经国务院批准,由漳州师范专科学校、厦门师范学院、泉州师范学院、南平师范学院合并建立福建第二师范学院,与当时的福建师范学院(现为福建师范大学)形成福建省本科师范教育一南一北的格局。1966年因文化大革命停止招生,1970年停办。1977年以来,在福建省委、省政府和漳州市委、市政府的高度重视下,重选校址,重建校园,先后经历了龙溪地区中学师资培训班、龙溪师范大专班、漳州师范高等专科学校等办学历程。1986年经原国家教委批准复办福建第二师范学院,并更名为漳州师范学院。2013年4月,教育部复函福建省人民政府,同意漳州师范学院更名为闽南师范大学。