100701药物化学(001化学制药部、009 上海市抗感染药物重点实验室010化学制药新技术中心、006生物制药部):《有机化学》,王积涛主编,南开大学出版社,2003第二版;《基础有机化学》(上、下),邢其毅、裴伟伟、徐瑞秋、 裴坚主编,“十五”国家级规划教材 高等教育出版社,2005年6月 第三版;《药物化学》,尤启东主编,化学工业出版社,2004第一版;《高等药物化学》,周伟澄主编,化学工业出版社 2006年 第一版;《分析化学》, 孙毓庆,胡育筑主编,科学出版社,2006年第二版;《有机化合物光谱解析学》,姚新生主编,人民卫生出版社
100702药剂学(003药物制剂国家工程研究中心、011上海呼吸系统药物工程技术研究中心):《分析化学》,李发美主编,人民卫生出版社,第五版;《物理化学》,候新朴主编,高等医学院校药学类教材,人民卫生出版社;《物理化学简明教程》,印永嘉等编,高等教育出版社;《药剂学》,崔福德主编,人民卫生出版社,2003年第五版;《生物药剂学与药物动力学》,梁文权主编,人民卫生出版社,2004年第二版
100703生药学(004中药研究部):《天然药物化学》,吴立军主编,人民卫生出版社,第五版;《分析化学》,李发美主编,人民卫生出版社,第六版;《有机化合物结构鉴定与有机波谱学》,宁永城,科学出版社,2004年第二版
100704药物分析学(005分析测试中心):《基础有机化学》(上、下),邢其毅、裴伟伟、徐瑞秋、 裴坚主编,“十五”国家级规划教材 高等教育出版社,2005年6月 第三版;《分析化学》, 孙毓庆,胡育筑主编,科学出版社,2006年第二版
100705微生物与生化药学(006生物制药部):《微生物学》,沈萍主编,高等教育出版社,2000年7月第一版;《生物化学》,王镜岩、朱圣庚等编,高等教育出版社,2002年7月第三版
100706药理学(007药理评价研究中心、008国家(上海)新药安全评价研究中心、011中国医药工业信息中心):《生物化学》,查锡良主编,全国高等学校教材,供基础、临床、预防、口腔医学类专业用,人民卫生出版社,第7版; 《药理学》,杨宝峰主编,全国高等学校教材,供基础、临床、预防、口腔医学类专业用,人民卫生出版社,第7版;《毒理学基础》,王心如主编,人民卫生出版社 第五版;《管理学》,[美]斯蒂芬.P.罗宾斯等著,孙健敏等译,中国人民大学出版社,第九版,2008年12月;《医药管理学》,邱家学主编,中国医药科技出版社 2012年6月;《药事管理与法规》,主编国家食品药品监督管理局执业药师资格认证中心,中国医药科技出版社 2008年3月第1版
081703生物化工(006生物制药部):《微生物学》,沈萍主编,高等教育出版社,2000年7月第一版;《生物化学》,王镜岩、朱圣庚等编,高等教育出版社,2002年7月第三版